分子蒸餾設備可用于工業化生產的液-液分離技術，能解決大量常規蒸餾技術所不能解決的問題。分子蒸餾被認為是較高效的分離方式，它可以用來提純熱穩定性差的分子以及低揮發性、高沸點的相關化合物。在高真空環境下，分子蒸餾的特點是蒸餾溫度低，物料受熱時間短，可快速進行分離，應用于石油化工，醫藥化工，精油提純，化妝品香水提純等多個領域。
分子蒸餾設備是將待分離的化合物先在沸點下氣化變成氣體，氣態的化合物在真空泵的作用下被整體抽出，流經冷凝器的時候才可以獲得冷凝。冷凝器與蒸發面之間過長的距離，使得該段距離間充滿了氣態化合物，因而難減小蒸發液面處的壓力。對于分子蒸餾，由于冷凝器與蒸發表面布置得緊密，待分離的化合物一旦揮發逸出，便被冷凝，因而冷凝器與蒸發器表面之間的氣態化合物分壓低，可以實現低壓下的化合物分離。
該設備時在真空下操作，能使液體在遠低于其沸點的溫度下將其分離，特別適用于高沸點、熱敏性及易氧化物系的分離，保護了熱敏物料的品質。尤其用于天然保健品等的提取，可擺脫化學處理方法的束縛，真正保持了*的特性。也可用于分子量接近但性質差別較大的物質的分離，如沸點差較大、分子量接近的物系的分離，但是分子蒸餾不適宜于同分異構體的分離。
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