分子蒸餾和常規蒸餾在多個方面存在顯著差異。首先，從原理上講，常規蒸餾基于不同物質的沸點差異進行分離，而分子蒸餾則是利用液體分子受熱時會逸出的原理，通過不同種類分子逸出后的運動平均自由程不同來實現物質的分離。
其次，在蒸餾溫度上，在遠低于沸點的溫度下進行操作，只要有溫度差就可以實現分離目的，而常規蒸餾通常在沸點溫度下進行操作。這一區別使得一些在沸點溫度下易氧化、分解或聚合的物質，在蒸餾中能夠更好地實現分離。
再者，蒸餾的真空度上，可以在高真空環境下進行，通常在非常低的壓力下操作，這有助于防止物料氧化和損壞。相比之下，常規蒸餾的真空度要求相對較低。
此外，蒸餾液膜和傳熱效率也有所不同。蒸餾中的液膜較薄，傳熱效率高，物料受熱時間短。而常規蒸餾的液膜較厚，傳熱效率相對較低，物料受熱時間較長。
最后，在分離程度上，能夠實現更高程度的分離，可以將一些難以分離的物質進行有效分離。同時，還具有無毒、無害、無污染的優點，可以獲得純度高的安全產品，操作過程也更為簡單且設備需求較少。
總的來說，分子蒸餾和常規蒸餾雖然都是蒸餾技術，但在原理、操作溫度、真空度、傳熱效率以及分離程度上都存在顯著差異。因其的優勢，特別適合于處理高沸點、熱敏性以及易氧化的物質。
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